Museum Wasserburg
im Heimathaus
In einem spätgotischen Bürgerhaus stellt das Museum auf vier Etagen zahlreiche Themenbereiche im Umfeld der Stadtgeschichte dar. Sie reichen von der Vor- und Frühgeschichte der Region über die Darstellung reicher Patrizierfamilien in der frühen Neuzeit und die Innschifffahrt bis zum bürgerlichen Leben des 19. Jahrhunderts.
Wie man früher lebte
Gleich am Eingang wartet eine Postkutsche auf die Besucher. Eine historische Küche gibt Einblick in die Speisezubereitung des 15. bis 18. Jahrhunderts, ein Klassenzimmer weckt Erinnerungen an die eigene Schulzeit, und in der Medizinabteilung kann ein fußbetriebener Zahnarztbohrer besichtigt werden.
Innschifffahrt und Salzhandel garantierten bis in die Mitte des 19. Jahrhunderts wirtschaftliche Blüte. Die Ausstellung berichtet von Aufstellung der Schiffszüge und vom Bau der Plätten, vom Transport zu Land und der Bruderschaft der Schiffsleute.
Handwerk und Gewerbe
Im Dachgeschoss vermittelt die vollständig eingerichtete Werkstatt von Xaver Maikäfer einen Eindruck vom Arbeiten in einer Wagnerei des 19. Jahrhunderts.
Die Werkstätten von Hufschmied, Nagelschmied und Grobschmied stehen für das metallverarbeitende Gewerbe. Brauer, Bäcker und Konditor repräsentieren das Nahrungsmittelgewerbe, ein historischer Kaufladen den Einzelhandel. Die Textilabteilung zeigt den Weg des Leinen vom Flachsfeld auf den Webstuhl und die Geschichte der Wasserburger Tracht bis zum Blaudruckdirndl.
Vor- und Frühgeschichte
Die nahezu lückenlose Dokumentation der Vor- und Frühgeschichte des Wasserburger Raumes reicht von der Geologie und Fauna der Vorzeit über die Zeugnisse aus Steinzeit und Bronzezeit bis zu den Römern.
Wohnkultur
Das Wasserburger Museum ist bekannt für seine außerordentlich reichhaltige Sammlung zur bäuerlichen Wohnkultur des südostbayerischen Raumes. 
Gezeigt werden neben gotischen Einzelstücken zahlreiche so genannte Türkentruhen, die mit orientalisch anmutenden Zügen überraschen.
Rechtsgeschichte
Schandmasken und Schandtafeln, das Richtbeil des Pfleggerichts Kling sowie ein Viertelgalgen sind Belege für den Strafvollzug in Wasserburg.
Musik
Der helle Wohnraum des Hauses ist dem Hofkapellmeister und Komponisten Johann Kaspar Aiblinger aus Wasserburg gewidmet und mit Möbeln und dem Hammerklavier Aiblingers sowie Bildern und Möbeln des 18. und 19. Jahrhunderts ausgestattet. Gezeigt wird auch ein Virginal von 1588 sowie zahlreiche weitere qualitätvolle historische Instrumente.
Militaria
Bewaffnung und Geschichte der Bürger- und Landwehr zeugen vom Selbstbewusstsein der Bevölkerung in der Zeit vom Dreißigjährigen Krieg bis ins 19. Jahrhundert. Auch die ortsansässigen Schützengesellschaften boten Raum für militärische Übungen.
