Die überaus reichen Kunstsammlungen des Stiftes bergen Werke von Weltruf: Tassilokelch, Tassiloleuchter, Codex millenarius, europäische Malerei des 15. bis 19. Jahrhunderts, Rüstkammer, Kunst- und Wunderkammer, Bibliothek.
Die Museumsräume sind aufgeteilt in eine geologische, paläontologische und prähistorische Sammlung, ein mineralogische Kabinett, ein physikalisches Kabinett in der Sternwarte, eine zoologischen und botanische Sammlung, einen volkskundlichen, völkerkundlichen und kulturhistorischen Sammlungsbereich sowie ein astronomisches Museum.